הוויכוח היה כנראה הנוקב ביותר שהתנהל במדינה הצעירה מאז הקמתה. מחד גיסא, טענו בן גוריון ואנשיו כי חובה על גרמניה לשלם על הרכוש העצום שנגזל בידי הנאצים מהעם היהודי, וכי מדינת ישראל הצעירה זקוקה נואשות לסיוע כספי. מנגד, טענו המתנגדים, ובראשם מנחם בגין, כי הסכם שבמסגרתו תשלם גרמניה פיצויים (“שילומים”) למדינת ישראל יהווה פגיעה אנושה בזכר נרצחי השואה, ויאפשר לגרמניה לחוש כי היא כיפרה על פשעיה. הפגנות ענק נערכו בארץ, ובשיאן נערכה הפגנה גדולה של תנועת החרות תחת הכותרת “נמחה את החרפה”. ההסכם אושר בכנסת ברוב דחוק, ובכ’ באלול תשי”ב (10.9.1952) נחתם הסכם השילומים בין ממשלת גרמניה לממשלת ישראל. במסגרת ההסכם שילמו הגרמנים כספים רבים למדינה ולארגונים יהודיים ברחבי העולם, העניקו כספים לניצולים וסייעו בהנצחת זכר השואה. למפרע, יש הרואים בהסכם גורם שחילץ את ישראל ממצוקתה הכלכלית הקיומית, ויש הרואים בו פשע מוסרי שבסופו של דבר לא סייע לכלכלת המדינה, העמיק את הפער העדתי ופגע בזיכרון השואה ובכבודו של עם ישראל.
“בהר ציון תהיה פליטה” אמר החפץ חיים לתלמיד הצעיר, שנודע כבר בראשית המאה העשרים בכישוריו החינוכיים והארגוניים. “בהר ציון תהיה פליטה”, הדהדו הדברים בראשו של הרב שלמה יוסף כהנמן (יליד 1888) בשעה שהקים ישיבה אחר ישיבה בליטא שבין שתי מלחמות עולם, וכיהן כציר בבית הנבחרים של המדינה. המילים הפכו לברורות הרבה יותר בשנות השואה. בדרך לא דרך הגיע הרב כהנמן לארץ. אשתו, ילדיו, תלמידיו וישיבתו נותרו בליטא הבוערת. מתוך ההפכה הוא החליט לקום מחדש. על גבעה שאותה רכש במושבה בני ברק, נוסדה מחדש ישיבת פוניבז’ שחרבה בניכר. על קיר הכניסה נחקק הפסוק שעליו חזר החפץ חיים. בתקופה של שיא החילון והידלדלות עולם התורה, חלם הרב כהמן על התחיה הגדולה בהר ציון. בניגוד לרבים מעמיתיו, ראה בעין יפה את הציונות, ובהתאם למורשתו מניפה עד היום הישיבה – הנחשבת כאחד מסמלי העולם החרדי – את הדגל הכחול לבן ביום העצמאות. מסירות הנפש לארגון ולגיוס המשאבים להקמת מוסדות התורה ולהקמת מוסדות חסד וחינוך לקליטת ניצולי השואה נמשכו עד פטירתו בכ’ באלול תשכ”ט (3.9.1969)
