בי”ט בתשרי תקנ”ח (9.10.1797), בעיצומו של חג הסוכות, עטתה וילנא היהודית אבל. המונים ליוו למנוחות את מי שנתפס בדורו ולדורות כמייצג של יהדות ליטא – הגאון רבי אליהו מווילנא, שעוד בחייו כונה “הגאון”. הגאון לא שימש מעולם בשום משרה רבנית, והתפרנס מקצבה קטנה שהעניקה לו הקהילה כדי שיוכל להתמסר ללימודיו. גאונותו ובקיאותו בכל התורה על כל חלקי הנסתר והנגלה שבה, מחויבותו המוחלטת לפשט ולאמיתה של תורה, ובעיקר התמדתו הבלתי נתפסת, הפכו את דמותו לסמל הלמדן ותלמיד החכם בעולם המזרח־אירופי, ואילו אמירותיו בזכות העיסוק במדע ובחוכמה אומצו בחום גם בידי המשכילים. הגר”א, שחשש מתופעות משיחיות מסוכנות, הוביל את ההתנגדות לחסידות, אך בד בבד המשיך להיות נערץ גם על מנהיגיה. כתביו של הגר”א על הגמרא, על השולחן־ערוך ועל ספרות הקבלה, מצטיינים בתמצות המכיל בתוכו פרשנויות ורעיונות עמוקים שדורות עמלו על ביאורם. הגר”א, שככל הנראה ניסה בעצמו לעלות לארץ ישראל, פיתח בין השאר את תפיסת “גאולה דרך הטבע” שקראה לפעילות אקטיבית למען השבת העם היהודי לארץ ישראל. בשם תפיסה זו, עלו לארץ רבים מתלמידיו.