“מקרה מר ומתמיה” כך הגדיר דוד בן גוריון את האירועים שהתחוללו בגזר בבוקר ג’ בסיוון תש”ח (10.6.1948). חברי הקיבוץ, שעלה אל הקרקע במרכז השפלה בלב אזור ערבי שלוש שנים קודם לכן, עברו עד אותו יום את קרבות מלחמת העצמאות בשלווה יחסית. ריחוקם מזירות הקרב העיקריות באזור ונוכחות כוחות גדולים של צה”ל באזור לטרון הקנו לתושבי הקיבוץ תחושת ביטחון. מפקדי הלגיון הירדני וכוחות ערביים מקומיים שישבו באותה עת באזור רמלה חשבו אחרת. הם החליטו לבצע פשיטה על הקיבוץ כדי להטות את הכף בזירה לטובת הערבים. כוח משוריין ירדני מלווה בתותחים ובמאות לוחמי חי”ר הסתער על הקיבוץ בהפתעה, ולמגיניו לא היה למעשה סיכוי. בקשות העזרה שנשלחו לכוחות הסמוכים לא נענו בשל חלוקה שגויה של תחומי האחריות בין החטיבות השונות, ואחרי חמש שעות של קרב נואש נפל הקיבוץ. עשרים ותשעה מהמגינים נפלו בקרב, ועוד עשרות נלקחו בשבי. הירדנים נסוגו מהקיבוץ אחרי זמן קצר, וכוחות צה”ל שהגיעו מאוחר מדיי השתלטו על השטח בקלות. גזר שבה והתחדשה, למרות הכול, והפכה לקיבוץ וליישוב משגשג.
