הוא היה בכיר תלמידיו של המהר”ל מפראג, וכיהן עשרות שנים ברבנות של ערים מרכזיות, בהן פראג, וינה וקרקוב. ניסיונו לקיים משטר צדק בקהילות שאותן הנהיג ולחלק את נטל המיסים בצורה הגונה, יצר לו לא פעם אויבים שלא בחלו בניסיונות להבאיש את ריחו בעיני השלטון, להביא להדחתו ואף למותו. את סיפור מאסרו והצלתו בעקבות אחת מאותן עלילות, פרשׂ רבי יום טוב ליפמן הלר בספרו “מגילת איבה”. התלאות לא הפריעו לרבי יום טוב להקדיש את חייו ליצירה תורנית ענפה, בכל ענפי התורה: הש”ס, הפוסקים, פרשנות המקרא, פיוט, פילוסופיה ואף תיאור בניין המקדש לעתיד לבוא. גולת הכותרת של חיבוריו היא פירוש “תוספות יום טוב”, אחד מהפירושים הידועים והנלמדים ביותר על שישה סדרי משנה, הכולל בתוכו את תמצית הדיונים התלמודיים וההלכתיים על כל משנה ומשנה. בעת כהונתו כרבה של קרקוב, שבה גם נפטר ונקבר ביום ו’ באלול תי”ד (17.9.1654), התמודד עם המשבר שפקד את יהדות פולין לאחר גזירות ת”ח־ת”ט, והקדיש מאמץ עילאי להתרת עגונות שבעליהן נעלמו בימי הפרעות.
