דורות רבים התחבטו לומדי הספרות התורנית היהודית בשאלת זיהויים של צמחים ובעלי חיים שונים המוזכרים במקורות. עם שיבת ישראל לארצו ועם החיבור המחודש לטבע הארץ ישראלי, הרים פרופסור יהודה פליקס את הכפפה. הנער שהצליח להימלט לבד מכל משפחתו מפולין הבוערת, התחבר כבר מצעירותו לשאלות החקלאות, החי והצומח. בשהותו בקיבוץ שדה אליהו ובלימודיו באוניברסיטה העברית, החל להתחקות אחר עקבותיה ומשמעותה של החקלאות העברית הקדומה, והפך במהרה להיות בר הסמכא בתחום. עמד בראש המחלקה ללימודי ארץ ישראל בבר אילן שנים ארוכות, ועסק בזיהוי צמחים וחיות. עסק גם בפירוש ריאלי לתיאור מראות הטבע השונים המופיעים בספרי התנ”ך, תוך שהוא לא זונח את משמעותם הפרשנית. כחבר בוועדות שונות קבע את שמותם של מונחים חקלאיים ושל צמחים שונים בזיקה למקורות היהודיים. עמל רבות כדי להשיב את צמח האפרסמון האגדי למדבר יהודה. היה בין היחידים שזכה להערכה רבה גם בין לומדי התורה וגם בשורות האקדמיה. את ספרו השמונה עשר הספיק לערוך מעט לפני פטירתו, כשהוא כבר לוקה בראייתו. נפטר בא’ בכסלו תשס”ו (2.12.2005).