כתבי היד הלכו ונערמו על השולחן בבית הצנוע שבג’רבה, אי הכהנים שלחופי טוניס. רבי משה כלפון הכהן, כמעט ולא חדל מלכתוב. שאלות ותשובות, ספרי מנהגים, הדרכות חינוכיות מפורטות, ספרות מחקרית, פסקי דין, דרשות ופרושים. בעשרות השנים בהן הנהיג את קהילת יהודי ג’רבה, נאלץ הרב כלפון להתמודד עם משברים כלכליים, רוחות החילון ואף עם הימים הקשים של הכיבוש הנאצי. שיטתו ששילבה פתיחות לנעשה בעולם, גמישות ומתינות, לצד דביקות בלתי מתפשרת בעקרונות ההלכה, סייעה לקהילה לצלוח את כל המשברים בשלום. במשך השנים הלכה והתחזקה תפיסתו הציונית של הרב כלפון. הוא ראה בציונות סוג של גאולה ודרבן את בני קהילתו לעלות לארץ ולהשתלב בפעילות הציונית. בספריו התווה חזון למדינה היהודית העתידה לקום, והורה לחגוג את הקמת המדינה בשלושה ימי חג. תפיסתו האופטימית הביאה אותו לכתיבת מאמרים ומכתבים שהציעו, על בסיס רוח היהדות, הצעות שונות לתיקון העולם ולהבאת שלום לכל. הרב כלפון נפטר ערב עלייתו לארץ ביח’ טבת תש”י (7.1.1950). כמחצית המאה לאחר מכן הועלו עצמותיו לירושלים.
