חיל המשלוח העיראקי שהתרכז בצפון השומרון זמן קצר לאחר הקמת המדינה הדאיג מאוד את מפקדי צה”ל. החשש מפני כוחות עיראקיים שיפרצו מאזור ג’נין, יחברו עם ערביי נצרת וישתלטו על עמק יזרעאל, או גרוע מכך – חשש מפני פלישה לאזור נתניה שתבתר את מישור החוף בימים הקשים ביותר של הלחימה בדרום ובמרכז, הניע את המטה הכללי להורות על פריצה לג’נין כחלק ממתקפה כללית על השומרון. במסגרת מבצע יצחק פעלו כוחות מחטיבות גולני וכרמלי בגבעות שמצפון לעיר ובליל כ”ה באייר תש”ח (3.6.1948) פרצו לעיר והשתלטו על רובה. מחסור במודיעין ובציוד, כישלון הניסיון לחסום את הכבישים המובילים לעיר ומתקפת נגד עיראקית הביאו לנסיגה ישראלית לא מסודרת. כחמישים לוחמים נפלו בקרב, גופותיהם של רבים נותרו מאחור והובאו לקבורה רק לאחר המלחמה. למרות הכישלון, סיכלה המתקפה את תוכניות העיראקים לפריצה צפונה ומערבה, והעניקה מרווח נשימה לכוחות צה”ל שלחמו באותה עת בגזרות אחרות. העיר ג’נין שבה והייתה לזירת לחימה גם במלחמת ששת הימים וגם בימי מבצע חומת מגן.
