למרות החשש הביטחוני הכבד, ולמרות התנגדותם הנחרצת של תומכי ההתיישבות ביהודה ושומרון, ביום ח’ בשבט תשנ”ז אישרה הכנסת ברוב של שמונים ושבעה תומכים ושבעה עשר מתנגדים (16.1.1997) את הסכם חברון. במסגרת ההסכם שנחתם לאחר שהופעל לחץ אמריקאי כבד על ראש הממשלה נתניהו להמשיך את מימושם של הסכמי אוסלו, נמסרו שמונים אחוז משטחה של העיר חברון לשליטה מלאה של הרשות הפלשתינית, ואילו עשרים אחוז מהשטח, הכולל בתוכו את היישוב היהודי הקטן בעיר, נשאר בשליטה ישראלית. כוח משקיפים בינלאומי (TIPH) נועד לפקח על מימוש ההסכם. אתרים יהודיים קדושים ברחבי העיר כמו אלוני ממרא היו אמורים להיות פתוחים לכניסת יהודים. בפועל, במהלך השנים אפשרה השליטה הפלשתינית בעיר את ביצועם של פיגועי טרור קשים ואכזריים נגד מתיישבי חברון, ובשיאם רצח התינוקת שלהבת פס. כוח המשקיפים הבינלאומי הפגין באופן תמידי חד צדדיות עוינת לישראל, והכניסה המובטחת לאתרים היהודיים כמעט ולא מומשה. למרות כל הקשיים, היישוב היהודי בעיר גדל והתפתח, ומאות אלפי מבקרים עולים מדי שנה להשתטח על קברי האבות במערת המכפלה.
