הם שרדו את הקדחת שעשתה שַמּוֹת בילדיהם, שרדו את הקשיים האינסופיים בימי הטורקים והבריטים, שרדו את הריחוק ואת קשיי הפרנסה. אך לא יכלו לשרוד את המלחמה, ובעיקר את הניכור. בבוקר ג’ בסיוון תש”ח (19.6.1948) צפו תושבי המושבה “משמר הירדן” בחטיבה סורית שלמה העולה על בתיהם. בניגוד לשתי ההתקפות הסוריות הקודמות שנערכו בימים הקודמים, ואותן הצליחו התושבים המעטים להדוף במחיר כבד, הפעם חדרו הסורים ללב המושבה והשתלטו עליה. לאחר קרב גבורה נואש שבו נפלו עשרה מהלוחמים, נלקחו ארבעים מהמגינים (ובהם נשים ופצועים) לשנה שלמה של שבי בכלא הסורי. כאבם של תושבי המושבה היה רב לא רק בשל החורבן, אלא גם בשל העובדה שקריאותיהם הנואשות לעזרה לא נענו. חלקם חשדו (חשד שלא התברר עד היום) שהסיבה לכך הייתה נעוצה בזיהויה של המושבה עם תנועת בית”ר, שלא הייתה מהחביבות על כוחות ההגנה והפלמ”ח באזור. לאחר חזרתם מהשבי, נדהמו התושבים לראות כי אדמותיהם חולקו בינתיים לקיבוצים חדשים, ומושבתם למעשה נעלמה. רק בשנים האחרונות מוקם מרכז מבקרים והנצחה לתושבי המושבה שאבדה, משמר הירדן – מושבתם של הגיבורים על הירדן.
