הוא שָׁכַל במגפות ובפרעות את אשתו וארבעה מילדיו. ביתו וקהילתו נחרבו פעם אחר פעם. הרדיפות והגזרות מצד השלטונות העות’מניים לא פסקו ולו לרגע. אבל כל זה לא הפריע לרבי ישראל משקלוב להמשיך לבעור באהבת ארץ ישראל ולפעול בכל כוחו למען יישובה. רבי ישראל, מתלמידי הגר”א, עלה בראשית המאה התשע עשרה יחד עם חבריו מהעיר שקלוב שבליטא, ועמד בראש קהילת “הפרושים” שהוקמה בצפת. הוא נשלח מטעם הקהילה למסעות גיוס כספים בחו”ל. בארץ, סייע ליישוב היהודי בצפת לעמוד מול כל הגזרות והאסונות שנחתו עליו, ועמד בראש פעולות ההצלה לקהילה בעיר לאחר רעידת האדמה הגדולה. בין לבין, הספיק רבי ישראל משקלוב לחבר את הספר “פאת השולחן” על המצוות התלויות בארץ, ובו תיאר את נחישותו להישאר בארץ גם לאחר הייסורים הנוראיים שעבר: “כי בייסורים רבים עמדה לי אשר זכיתי להסתפח בנחלת ה’ “. בירושלים, עסק רבי ישראל ביוזמות שונות להעצמת היישוב, וביניהן הקמת בית הכנסת “חורבת רבי יהודה החסיד” .בט’ בסיוון תקצ”ט (22.5.1839) נפטר רבי ישראל ונקבר בטבריה.