רוחות עזות התדפקו על חומותיו של מבצר התורה שבליטא. מדרום, הלכה וצמחה תנועת החסידות שערערה במידת מה על ערכו של לימוד התורה המסורתי והציעה דרך חלופית לעבודת ה’ באמצעות דבקות ושמחה. ממערב, החלו להפציע רוחות ההשכלה והחילון שאיימו על נאמנות לומדי התורה לדרכם מימים ימימה. את המערכה על נפשם של הלומדים ניהל רבי חיים איצקוביץ מוולז’ין גדול תלמידיו של הגאון מווילנא, שנפטר ביום י”ד בסיוון תקפ”א (14.6.1821). בסדרת חיבוריו, ובראשם ספרו “נפש החיים”, הסביר הרב מה הם הכוחות והיכולות האדירים הקיימים בנפשו של האדם, ומה עליו לעשות עם יכולות אלו; עוד הסביר את החשיבות העצומה של לימוד “תורה לשמה”; וכן, התפלמס – מתוך כבוד והערכה – עם רעיונותיה של החסידות. במקביל, הקים ר’ חיים בעירו וולוז’ין את “ישיבת עץ חיים”, הידועה כ”אם הישיבות”. אל הישיבה הגיעו במשך קרוב למאה שנה מיטב לומדי התורה באירופה ומחוצה לה. וולוז’ין, המשמשת עד היום כמודל לרוב הישיבות ברחבי העולם, טיפחה את הכמות ואת האיכות של לימוד התורה בעם ישראל והכשירה עתודה רבנית ומנהיגותית לקהילות ברחבי העולם היהודי.