קרוב לשנה השתוללו הפורעים בערי רוסיה. מאות יהודים נרצחו בפרעות (או ה”פוגרומים”, בפי העם) שכונו “הסופות בנגב”, בשל התעצמותם דווקא בדרום המדינה. השלטון ביקש להסיט את תשומת הלב הציבורית מבעיות החברה והכלכלה, והפנה את זעם ההמון – שאנטישמיות לא הייתה זרה לו ממילא – לעבר היהודים. לאחר לחצים בינלאומיים, הורה הצאר אלכסנדר השלישי על הקמת ועדת חקירה שתבדוק את הסיבות להתחוללותם של הפוגרומים הספונטניים כביכול. בט”ו באייר תרמ”ב (4.5.1882), פורסמו המסקנות והפכו מיד להוראות חקיקה. הוועדה מצאה כי היהודים פוגעים ברווחתה של האוכלוסייה הכפרית והעירונית, והם האשמים בשנאה שהופנתה כלפיהם. מסקנות הוועדה (“חוקי מאי”) קבעו שיש להצר עוד יותר את צעדיהם של היהודים, לגרשם מהכפרים ולהטיל עליהם מגבלות כלכליות חמורות. לפוגרום הפיזי נוסף מעתה גם “פוגרום קר” של תקנות ושל צווים שהביאו להתמוטטותם של יהודים רבים. תחת משא הגזרות, החלו מיליונים מקרב יהודי רוסיה לפנות אל מעבר לים, ל”ארץ המובטחת”, אמריקה. אחרים הצטרפו לכוחות המהפכניים, ומעטים החלו להניע את גלגליה של תנועת חיבת ציון, ולשוב לארץ ישראל.