בילדותו, הוא נודע דווקא כבעל כישרונות בינוניים יחסית. אבל כוח רצון והתמדה הפכו אותו לאחד מהידועים שבגדולי התורה בעת החדשה. במשך עשרות שנים עמד הרב נפתלי צבי יהודה ברלין בראש ישיבת וולוז’ין, וחינך מאות רבות של תלמידי חכמים ושל צעירים שהפכו ברובם לחוט השדרה של הנהגת העולם הרבני, כדוגמת הרב קוק, או לדמויות בולטות בתנועה הציונית, כמו ביאליק. הנצי”ב נודע באהבתו הגדולה לארץ ישראל, הטיף לעלייה אליה, והיה בין ראשיה של “חיבת ציון”. בחיבוריו, עסק הנצי”ב בתחומים שבדרך כלל לא היו במוקד תשומת הלב התורנית, כמו תשובות מתקופת הגאונים או מדרשי הלכה תנאיים. בפירושו הפופולרי לתורה, “העמק דבר”, הרבה הנצי”ב להדגיש היבטים מוסריים ולאומיים. השלטון הרוסי הרבה להתנכל לישיבת וולוז’ין מתוך רצון לכפות על הנוער היהודי חינוך מתבולל, ובסופו של דבר בחורף תרנ”ב (1892) נסגרה הישיבה בצו השלטונות. שנה וחצי מאוחר יותר, ביום כ”ח אב תרנ”ג (10.8.1893), בהיותו בוורשה, נפטר הנצי”ב ככל הנראה משברון לב. על שמו הוקם בעמק בית שאן קיבוץ עין הנצי”ב.
