הוא היה גדול המלכים החשמונאיים. הרחיב במלחמותיו את גבולות ממלכת יהודה עד הרי הגולן ומואב, לב הנגב וערי החוף. הוא לחם מלחמת חורמה נגד העבודה הזרה שבארץ, והתאמץ לשמור על חירות ישראל. בימיו שגשגה כלכלת יהודה, והתבצר מעמדם של חכמי ישראל יוצרי התורה שבעל פה. עם זאת, ההתייחסות במקורות חז”ל לדמותו של המלך יונתן אלכסנדר ינאי, שנפטר לפי המסורת בב’ בשבט שנת 76 לפנה”ס, מורכבת. ישנם מקורות המצביעים על עוינותו לפרושים, ועל ברית שכונן עם הצדוקים ובגינה “רגמוהו כל העם באתרוגיהם”. ויש הטוענים אף כי בארץ יהודה התחוללה מלחמת אחים אכזרית בין צבא ינאי לפרושים. מאידך, ניתן להצביע גם על יחסיו המורכבים עם גיסו שמעון בן שטח, שידעו עליות ומורדות , אך בסופו של דבר הביאו לביצורם של מוסדות התורה וההלכה, בואכה תור הזהב שידעו אלו בימי שלטונה של רעייתו שלומציון. “מלך בשר ודם”, כפי שכונה בספרו המונומנטלי של הסופר משה שמיר, הונצח בנחל אלכסנדר ובמושב בית ינאי, ובעשרות מחקרים וספרים שניסו לעמוד על דמותו של הגדול במלכי החשמונאים.
