תריסר החברים נחו מעט מעמל הקמתם של המבנים הראשונים, והביטו בחדווה אל מרחבי הנגב המערבי. בעיצומם של ימי השואה בכ”ב בשבט תש”ג (26.1.1943), אחרי טלטולים ותלאות, עמד עוד קיבוץ דתי על תילו. השם נקבע ‘בארות יצחק’, על שמו של הרב יצחק ניסינבוים, ממנהיגי ‘המזרחי’ שנספה בשואה, ולכבוד בארותיו של יצחק אבינו שפעל באזור. בחמש שנים הספיק הקיבוץ הצעיר לפרוח ולהוות בסיס לפעולות הגנה והתיישבות בכל מרחבי הנגב. אולם, עם פתיחת מלחמת העצמאות, נקלע הקיבוץ למערכה אכזרית. לאחר תקופה ארוכה של מצור והפצצות, ביולי 1948, התקיפו המצרים את המשק. קרב עז, שבמהלכו נפלו שבעה עשר מהחברים, הביא כמעט לנפילתו של הישוב. אך מסירותם של מגניו, והסיוע שהגיע מחטיבת הנגב ברגע האחרון, הצילו את המצב. לאחר המלחמה, התקשו החברים להישאר במקום שבו ספגו כמות כה גדולה של אבדות, והישוב הועתק למרכז הארץ, שם הקימו קיבוץ פורח ומשגשג. לאחר שנים של התעלמות מצד מוסדות המדינה, הוקם בשנת 2013 אתר הנצחה לקיבוץ ולגבורתו ב”בארות שבנגב“.
